单纯有隐球菌寄生的慢阻肺病人，在没有肺部受侵犯的证据时应定期随访。对胸片有肺实质受侵犯，呼吸道分泌物培养中分离出新型隐球菌的病人应给予积极的治疗，防止血源性播散的发生。对于免疫功能低下的患者因病变极易由肺播散到中枢神经系统，既使其脑脊液检查是阴性结果，亦应极早开始系统治疗。首选药物为两性霉素B。
有7%的艾滋病患者并发新型隐球菌的感染，在治疗中应抗真菌治疗。联合应用两性霉素B和氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)。
对有隐球菌感染证据而临床症状较轻者，可采用口服氟康唑或伊曲康唑治疗。绝大多数患者药物治疗有效。除了少数单一结节者外科手术治疗有效，多数病例不可能完全切除肺部隐球菌结节或团块以控制感染。少数患者因胸膜渗出需作引流辅助治疗。
