根尖囊肿手术是直接将囊肿刮除，而根管治疗是通过药物间接使囊肿消失。根尖囊肿是慢性根尖周炎的慢性病变，属于牙源性的颌骨囊肿，好发于上前牙和下磨牙区，通常由根尖肉芽肿或慢性牙槽脓肿发展导致。根尖囊肿围绕在牙根尖周围，是由于牙齿根尖部的慢性炎症、肉芽组织的长期刺激造成周围组织不断渗出液体，从而形成了囊肿。

根尖囊肿的病程较长，起初并不会有明显的疼痛症状，部分患者可能会觉得咀嚼乏力或者牙齿不适，但是随着病情的加重，囊肿会吸收周围骨质从而导致患者颌骨形状改变甚至面部畸形，严重时也会出现继发感染使患者出现胀痛、发热。因此当出现根尖囊肿时患者要及时进行诊治，避免病情恶化导致严重后果，本文将对该疾病的治疗方式进行相应的介绍，并对手术治疗和根管治疗的区别加以说明。

1、根管治疗：如果囊肿较小而且与根尖孔相通，则可以通过根管将药物导入囊肿内，药物对上皮细胞进行破坏后囊肿便会消失。根管药物治疗是想对保守的治疗方法，由于个体差异较大，建议患者在医生的指导下结合个人情况选择合适的药物。

2、手术治疗：如果囊肿较大、根管治疗存在难度或者药效不明显则患者可以考虑通过手术进行治疗，医生会用咬骨钳和骨膜分离器将囊肿直接刮除。

3、急性期治疗：如果患者痛感明显则可以口服消炎抗菌药物、通过中医针灸等方式进行镇痛。

综上，根管治疗与手术治疗的区别在于对囊肿的清除手段不同，根管治疗偏向保守、通过导入药物间接消除囊肿，而手术治疗是直接将囊肿刮除，风险较大。根尖囊肿的治愈率较高，通常会首选根管治疗来保留病灶牙，效果不佳再改为手术治疗。