二次根管治疗本身没有危害，但可能出现术后并发症，比如根尖区域压痛。一般是治疗时填充物过多造成的，如为糊剂超填，慢慢能被健康组织包裹或者被吸收，不舒服的症状也能消失，如果为牙胶尖超填，就要重新填充治疗。

还可能并发慢性根尖炎症，通常是微生物感染导致的。微生物会存在于牙本质小管、根管解剖变异区域、牙骨质表面，根管治疗物时，感染物会通过牙周袋、根管系统、牙本质小管等扩散到根尖周组织。这时需要将根管填充物去除，重新进行根管治疗，如果仍然失败，可以考虑做根尖手术。

二次根管治疗以后牙齿可能会有发麻、肿胀、轻微疼痛症状，通常是正常现象，不需要使用特殊的方法治疗，但如果症状不断加重，就需要及时就医诊治。另外，可能会引发髓腔或根管穿孔，容易发生髓腔狭窄部分，如果穿髓孔比较小，可以使用生物陶瓷材料修补，如果穿髓孔比较大，可以考虑做牙半切术、牙根切除术等。

做根管治疗后牙齿没有牙髓，就无法得到所需的养分，牙齿会变得脆弱，从而引发轻微松动现象，情况严重可能会发生崩坏。因此二次根管治疗后不要用牙齿咬硬的食物，以免出现不良症状。