确诊必须取活检进行病理切片，对癌的分类及指导治疗很重要。
4五种检查方法[2]用于检测(发现)和肛门癌的诊断测试，检查直肠和肛门。
可以使用以下的测试和程序：
身体检查，包括检查的疾病症状，如肿块或其他任何东西，似乎是不寻常的一般健康的迹象。患者的卫生习惯，既往病史和治疗的历史，也将采取。
直肠指诊(DRE)：考试的肛门和直肠。医生或护士将涂以润滑剂，戴手套的手指插入直肠下部有无肿块或其他任何东西，似乎是不寻常的感觉。
肛门镜检查：肛门及直肠下段短，点燃管称为肛门镜检查。
直肠镜检查：直肠很短，点燃管直肠镜检查的。
远藤肛门或直肠内超声：一个过程，在这过程中的超声换能器(探头)插入肛门或直肠和反弹的高能量声波(超声波)关闭内部的组织或器官，并交相呼应。相呼应，形成了一幅人体组织的超声检查。
活检：去除细胞或组织，这样他们就可以被视为由病理学家在显微镜下检查是否有癌症的迹象。肛门镜检查过程中，如果异常区域被看作活检可以做在那个时候。