骨嗜酸性肉芽肿理想的治疗方法是在病灶内注射入缓慢吸收的泼尼松制剂，包括已确诊、局部复发或继发病灶，注射疗法均有效。通常只需注射1～3次，每次 125～250mg，6～12个月内病变停止发展，然后完成病灶修复。当放射线诊断有疑问时，可行冷冻切片活检术及病灶刮除术，同时局部注入泼尼松，必要时可进行植骨，多可治愈，极少复发，对某些部位功能次要的骨，如肋骨和腓骨等，可行边缘性瘤段切除术。对特殊病例或不宜手术部位可行放射治疗，或术后辅助放射治疗，20～30Gy(2000～3000rad)。对于多发病不适于手术及放射治疗者可局部或全身应用泼尼松和制菌剂治疗。