病因目前仍然不明。学说甚多，可归纳为两类：

(一)原发性：认为是全身疾病的一种局部表现，可能与缺乏脂类及脂溶性维生素，或与营养障碍、微量元素缺乏或不平衡、遗传因素、胶原性疾病等有关;亦可能与内分泌失调有一定关系，因多发于女青年，并在月经期症状加重。近年来随着免疫学的发展，发现本病患者大多有免疫功能紊乱，故有人认为，本病可能是一种免疫性疾病。

(二)继发性：由局部因素引起，如鼻腔粘膜受到外伤或手术切除过多，或因患特殊传染病如结核、硬结病、麻风、梅毒等所致。慢性肥厚性鼻炎的晚期，或慢性化脓性鼻窦炎的长期脓涕刺激，发生纤维结缔组织过度增殖，致使鼻粘膜的血行受阻、营养障碍而致萎缩。鼻中隔极度偏曲，一侧鼻腔宽大，增强的气流的刺激，或因粉尘或有害气体的长期刺激也可致病。曾有人提出本病是由于特殊细菌的感染，如臭鼻杆菌或类白喉杆菌感染。现认为这些细菌不是真正的病原菌，仅为萎缩性鼻炎的继发感染。