焦磷酸钙沉积症的并发症及伴发病主要有下列疾病：
1.甲状旁腺功能亢进 焦磷酸钙沉积症患者20%～30%有关节软骨钙化症，10%～26%甲状旁腺激素(PTH)升高，2%～15%有甲状旁腺功能亢进症，随着年龄增加二者并发率增加。但后者有骨痛、骨质疏松、身高降低、骨扫描骨吸收增加、血钙增高等。当切除腺瘤后，血钙下降，症状消失，区别于焦磷酸钙沉积症。
2.血色沉着症 血色沉着时，体内有过多铁质，可促使二水焦磷酸钙成核，又可抑制焦磷酸酶的活性，因此血色沉着症患者中一半有关节炎，50%关节炎者有X线软骨钙化，并随年龄增高而增加。常见于第2～5掌间关节。50%患者血PTH升高，大多数血钙水平正常。限制钙的入量并不能改善二水焦磷酸钙的沉积。
3.痛风和高尿酸血症 痛风发生在中老年人，易合并高血压病、肾脏病变，应用利尿剂较多。患者多有肾功能障碍，因此常见高尿酸血症。由于尿酸是二水焦磷酸钙的良好成核剂，因此2%～8%焦磷酸钙沉积症并发痛风。而该沉积症与高尿酸血症则无相关关系。
4.甲状腺功能低下 由于甲状腺功能低下者血中有过多的嗜水性黏多糖，可使局部钙和焦磷酸浓度升高，在滑液中形成二水焦磷酸钙结晶，但无症状。甲状腺素则可促进二水焦磷酸钙与免疫球蛋白结合，引发关节炎。
此外，黄褐病、糖尿病、淀粉样变及医源性库欣病亦可并发焦磷酸钙沉着病。