(一)发病原因
人类乳头瘤病毒(HPV)属于乳头瘤空泡病毒A属，为一组小DNA病毒，直径为55nm，无脂蛋白包膜，由72个病毒壳粒构成的对称20面体，其基因组为一环状的双链DNA，含7.9kb，分子量为5000000，在HPV的基因结构和功能研究方面，其开放阅读框架(ORFs)E6，E7，E1，E2，E4，E5，L1，L2和E3，E8及相应的基因编码蛋白受到高度重视，HPV有多种型别和亚型，人们最初是通过低于50%已知HPV类型DNA交叉杂交率来确定一种新的HPV型别，通过高于50%交叉杂交率而内切酶不同来确定新的亚型，目前采用的分型标准为：待定HPV基因组ORF的E6，E7和L1序列较已知型别同源性低于90%即为新类型，有2%～10%的差异为新亚型，差异小于2%者为同型变异，基于PCR技术现已将HPV分为超过100种类型，其中约75种已完成分子克隆和基因测序。
至少有35个型的HPV可以感染泌尿生殖道上皮，临床表现有其型特异性，产生从核酸技术可检测的亚临床感染，组织细胞学技术可检测的亚临床感染，尖锐湿疣，非典型增生，原位癌，鲍温丘疹病，鳞状细胞癌等广泛的病谱，和尖锐湿疣高度相关的是HPV6，HPV11，其他还有HPV16，HPVl8，HPV30，HPV31，HPV33，HPV42，HPV43，HPV54，HPV55等，大量的研究资料亦证明，HPVl6，HPVl8，HPV31， HPV33 ，HPV35， HPV39，HPV45，HPV51，HPV52，HPV54，HPV56，HPV66，HPV68等与生殖器表皮肿瘤发生有关。
(二)发病机制
尖锐湿疣HPV易感染黏膜和皮肤的鳞状上皮细胞，性接触部位的细小伤口促进感染发生，基底细胞层a6整合蛋白(integrin)可能是病毒附着的受体，L1蛋白在病毒结合，进入细胞时起协调作用，基底细胞中的HPV抗原性弱，易逃避机体免疫系统的识别和清除，其基因早期表达E1和E2，E1蛋白是核酸磷酸化磷脂蛋白，并具有腺嘌呤和鸟嘌呤三磷酸化酶活性以及DNA螺旋酶活性;E2蛋白既是转录的激活剂又是限制剂，通过固定在12-核苷复苏物(ACCN6GGT)启动转录调节，随着向棘细胞分化生长过程，携有高复制(>50)HPV之DNA的完整病毒颗粒出现在中上层细胞中，E6，E7编码蛋白发挥了重要的转化细胞功能，特别是在高危型HPV(HPVl6，HPVl8)感染中，概括而言，ORF早期区E1-E8主要负责病毒的复制且有转化特性，晚期区L1和L2则和增殖及复制有关，病毒颗粒在角质形成细胞终末分化阶段装配，子代病毒随死亡角层细胞脱落而释放。
体液免疫研究方面，HPV抗原曾采用过提取的病毒颗粒，细菌表达的融合蛋白，合成多肽等，多数结果显示宿主抗体主要针对壳粒蛋白L2，以最新的基因重组壳粒蛋白L1或L1 L2抗原(VLPs)研究表明，HPV抗体有型特异性，阳性结果和疾病史强相关，抗体产生的速度很慢，滴度较低，一组新近感染HPV16的妇女，血清抗体阳转平均时间近一年，平均滴度1∶100，血清抗体维持时间尚不明确，有报告尖锐湿疣型抗体可持续数十年，HPV的细胞免疫反应一直被认为在抑制病毒再活化和疣体消退中起重要作用，T细胞应答强度和疣体的发生，持续时间及消退相关，近年研究发现，针对E6和E7的淋巴组织增生反应与皮损消退和HPV感染的清除有关;在宫颈癌妇女的外周血，引流淋巴结和癌组织中检测到对应E4蛋白的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)。
大量HPV疫苗接种动物实验已证明，预防性接种病毒或基因重组壳粒蛋白L1，L2，E7，E6或E5可整体或部分保护宿主免受病毒攻击，至少能加快排斥反应产生，目前，已见人体HPV疫苗I期和Ⅱ期临床实验报告，人们希望从基因重组E7，E6等蛋白中确定有效的治疗性疫苗，拓展HPV相关疾病的治疗。
干扰素具有抗病毒，抗增殖和免疫调节活性，已成为治疗HPV感染，尤其是泛发和难治性尖锐湿疣的辅助用药，有效率报告在40%～60%，影响疗效的因素有：种类，剂量和疗程，给药途径，患者细胞免疫活性(与皮损表现有关)，HPV型别，剂量相关的副作用限制了较大剂量系统给药治疗，现多采用损害内分区注射疗法，尚无标准化方案，鉴于价格和给药不便因素，治疗对象常为其他方法失败的患者，有作者认为损害内注射疗法早期治疗效果好，报告治疗初发性尖锐湿疣(HPV6或HPV1l)有效率大于70%。
（三）病理：
镜下见鳞状上皮呈乳头状增生，上皮细胞排列整齐，棘层细胞增生，细胞内有空泡，增生上皮向外呈乳头样突出，上皮层的钉脚也较长，致真皮间质成为乳头的中心住，表皮层代表面可有角化。组织象示棘层高度肥厚，呈乳头瘤样增生，表皮突延长，分支形成假性上皮瘤样，可见多数核分裂相，上皮细胞出现明显的空泡化，体积较大。
（四）强度与传播：
传播方式主要通过性交及同性恋等。自70年代未起本病的发生在世界各国有急剧上升的趋势，己成为仅次于淋病和梅毒的一种性传播疾病。包皮过长或妇女白带较多而卫生习惯较差者易患。
（五）中医病因：
由于本病多发生在房事不节、不洁之人中，疣目的发生，与淋证同时并存。因此，治疗也应围绕本病的发病原因去施治。另外，本病也有单纯发生疣目，此种情况多为小儿，尤其是其母患有本病，而出生时染之、对此，本病预防是十分必要的。