1、最多见的是ALL和AML的鉴别
除了细胞形态学和细胞化学染色外，对于诊断困难的病例还可以利用免疫分型、检测T细胞表面抗原及基因分子生物学检查进行鉴别。一些非随机的细胞遗传学异常也是ALL特征，而对于起源不同的慢性淋巴细胞白血病、幼淋巴细胞白血病及毛细胞白血病，其鉴别主要依赖不同的临床特点和细胞形态学，而对于淋巴瘤白血病期的患者在诊断时常难以与ALL区分开，但由于其在治疗上与ALL相似，故临床上一般无进行精确鉴别的必要。
2、ALL和再生障碍性贫
血通过骨穿和骨髓活检绝大多数极易鉴别 但对于少见的低增生性ALL，尤其是全血细胞减少，骨髓增生不良，而原始细胞比例又较低时，其鉴别诊断较为困难。早年有学者提出，对于此类患者可考虑先用糖皮质激素治疗，如果患者在数月之内出现迅速的细胞恢复，则ALL的可能性较大。在诊断技术已臻完善的今天，这种鉴别方法似已无必要。