淋巴结结核发病原因有两种：一种是结核肝菌通过上呼吸道或随食物在口腔及鼻咽部尤其是扁桃体腺引起的原发灶上感染。后沿淋巴管到达颈部浅深层淋巴结。各部位多为单侧性淋巴结。受累咽部。重发病以上吸收后受累淋巴结核仍继续发展形成冷脓肿或溃疡。

另一种是原发结核感染后血中结核杆菌随血行进入内侧颈淋巴结，引起颈淋巴结核;还可以从腰腹部淋巴感染,然后汲及深部淋巴结群继发感染，在颈淋巴结结核发病中较为常见。