应与卵巢上皮性肿瘤中的交界性浆液性肿瘤相鉴别，其次还应和下述疾病相鉴别。
1、卵巢非赘生性囊肿 如卵泡囊肿、黄体囊肿等，一般直径小于5cm，壁薄，多在1～2个月自然消退。
2、子宫肌瘤 卵巢肿瘤有可能与子宫肌瘤囊性变或浆膜下子宫肌瘤混淆。B超检查可明确诊断。
3、早孕 子宫增大变软，有停经史，hCG值升高可确诊。B超见有胚囊或胎心博动。
4、慢性尿潴留 多有排尿困难或尿不净病史，包块位于下腹正中，边界不清，导尿后包块即消失，亦可用B超检查鉴别。
5、附件炎性包块 有慢性盆腔炎与不育史，包块位置较低，有触痛，与子宫有粘连。
6、腹水与结核性腹膜炎(包裹性积液)与巨大卵巢囊肿鉴别。