卵巢囊肿属广义上的卵巢肿瘤的一种，各种年龄均可患病，但以20-50岁最多见。卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，即：单一型或混合型、一侧性或双侧性、囊性或实质性、良性或恶性，其中以囊性多见，恶性变的程度很高。腹腔镜检查可直接看到肿物的大体情况，可观察整个盆腹腔，在可疑部位进行多点活检并吸收腹液进行细胞学检查可确定诊断及术后监护。但对巨大肿块或粘连性肿块患者禁忌施行，也无法观察到腹膜后淋巴结。若囊肿为恶性的卵巢肿瘤，和其他肿瘤一样，能制造和释放抗原，激素及酶等多种产物，这些物质在患者血清中可通过免疫学，生化等方法测出，称为肿瘤标志物，提示体内存在某种肿瘤。
⒈非肿瘤性卵巢囊肿：也叫做功能性囊肿，卵巢瘤样病变：这是最常见的囊肿。妊娠黄体瘤、卵巢间质增生、卵泡膜细胞增生、卵巢重度水肿、单发性、多发性滤泡囊肿，黄体囊肿，多发性黄素化滤泡囊肿、多发性黄体等等，其中滤泡囊肿、黄体囊肿最常见。发生在排卵周期的育龄妇女，单侧，壁薄，直径多<125px，罕见超过 200px。可暂行观察或口服避孕药。但不管用药与否，通常会在三个月内自行消失。
2.肿瘤性卵巢囊肿：观察三个月后仍然存在的可能是属于肿瘤性的卵巢囊肿，准确的说它属于卵巢肿瘤，既然是肿瘤就有良性和恶性，囊性、实性之分。临床上，在卵巢组织发生学基础上又分为四类：上皮性肿瘤、生殖细胞肿瘤、性索间质肿瘤及转移性肿瘤。因为卵巢位于骨盆腔内，位置较深，早期常无明显症状，为人们所忽视，并且不容易早期发现。因此一旦确定是卵巢肿瘤，如浆液性囊腺瘤、粘液性囊腺瘤、良性囊性畸胎瘤等，虽大多为良性，但有转化为恶性的可能，因此均需早期诊断、早期手术切除。
3.子宫内膜异位囊肿(巧克力囊肿)：比较特殊的一类卵巢囊肿，子宫内膜异位病灶可以侵犯身体的任何一个部位，卵巢巧克力囊肿是指异位子宫内膜长在卵巢内，在卵巢内形成大量黏稠咖啡色像巧克力状的液体。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。此类卵巢囊肿是25-45岁的生育年龄妇女最常见的疾病之一，发病率为10-15%。因为子宫内膜异位病灶会随着时间增加而变大，渐渐侵蚀正常的组织，造成卵巢组织不可逆的损害。经过评估其严重性后，可能需要手术处理。
4.输卵管卵巢囊肿：不是真正意义上的卵巢囊肿，不属于功能性的卵巢囊肿，也不属于非功能性的卵巢囊肿，甚至不能算作卵巢囊肿，因为它可能为炎性囊性积液，位于卵巢与输卵管之间的系膜内。常有不孕或盆腔感染史，可以两侧附件区条形囊性包块，边界较清，活动受限。但因为常与卵巢囊肿不易鉴别，所以暂且归于卵巢囊肿行列。