由于抗菌药物的广泛应用，耐药菌株不断出现，其中部分能产生β内酰胺酶，对氨苄西林耐药。儿童患者及慢阻肺并发本病者分离的流感嗜血杆菌耐药菌株尤为多见。一般可酌情选用新型大环内酯类抗生素如阿奇霉素、克拉霉素、阿莫西林/克拉维酸钾和氨苄西林。舒巴坦钠等联合β-内酰胺酶抑制剂的复方制剂、多西环素以及磺胺甲?唑/甲氧苄啶(SMZ/TMP)等。第2代头孢菌素如头孢克洛、头孢呋辛对本菌有较强抗菌活性，在轻中度感染被提倡;第3代头孢菌素头孢曲松和头孢噻肟以及喹诺酮类在中重度流感嗜血杆菌肺炎疗效更为确切。极重症患者可应用第4代头孢菌素或碳青霉烯类。