主要为血尿的鉴别。需要鉴别的疾病有非特异性膀胱炎、肾结核、腺性膀胱炎、尿石症、放射性膀胱炎、前列腺增生、前列腺癌、子宫颈癌等。其他还有些内科疾病也应予以鉴别：
(1) 上尿路肿瘤：肾盂、输尿管尿路上皮肿瘤出现的血尿和膀胱肿瘤相似，都表现为无痛性全程肉眼血尿。膀胱肿瘤血尿可同时伴有膀胱刺激症状，有时影响排尿，可以尿出血块或“腐肉”。但肾脏或输尿管肿瘤一般没有膀胱刺激症状，排尿通畅，尿出的血块呈条状，不含“腐肉”。通过影像学检查以及膀胱镜检查可以区分血尿的来源。需要注意的是部分膀胱肿瘤可合并有上尿路肿瘤。
(2) 非特异性膀胱炎：多为女性，血尿突然发生，常伴随膀胱刺激症状。尿常规检查可见白细胞、脓细胞，中段尿培养发现细菌生长可确诊。
(3) 尿石症：一般血尿较轻，以镜下血尿多见，劳动后可有加重，常伴有尿路结石的疼痛症状，根据结石部位不同症状表现有区别，膀胱结石可有膀胱刺激症状，上尿路结石可有恶心、呕吐，B超检查，腹部平片和静脉肾盂造影检查可以确诊结石。
(4) 良性前列腺增生：也可以出现无痛性肉眼血尿，往往由于腺体表面静脉怒张破裂出血引起。由于常常有排尿梗阻症状，有时合并感染和结石，血尿症状和膀胱肿瘤类似，且两者也可同时存在。但良性前列腺增生的血尿常为一过性，间歇期长达数月或数年。尿细胞学检查，尿肿瘤标记物，以及膀胱镜检查可以帮助鉴别。
(5) 腺性膀胱炎：临床表现和膀胱肿瘤很相似，血尿一般不严重，通过膀胱镜检查和活检可以鉴别。
(6) 尿路结核：常有一般结核感染的全身表现，出现低热、盗汗、消瘦，血尿终末加重，常合并膀胱刺激症状，以尿频为主。尿中出现结核杆菌，结核杆菌培养可为阳性。膀胱镜检查和活检可以明确诊断。
(7) 前列腺癌：前列腺癌侵犯尿道和膀胱可以出现血尿，但常伴有排尿困难症状。血清前列腺特异抗原(PSA)测定、直肠腔内B超加前列腺活组织检查等有助于诊断前列腺癌，有时需要行膀胱镜检查。
(8) 放射性膀胱炎：盆腔脏器肿瘤放射治疗后可发生放射性膀胱炎，急性期出现在放疗后数天，主要表现为血尿和膀胱刺激症状，膀胱镜检可见到膀胱粘膜毛细血管放射状扩张，局部有溃疡和肉芽肿，慢性期一般在放疗后数年出现，可致膀胱挛缩、膀胱直肠瘘等，一般需行膀胱镜检查和活组织病理检查确诊。
(9) 子宫颈癌：女性晚期宫颈癌侵犯膀胱时可出现血尿，但一般先有阴道流血，膀胱镜检查可见浸润性癌病灶，活组织检查和妇科检查可以鉴别。
