本病诊断多不困难。如肉阜表面有破溃、感染，体积增大时，易与以下疾病混淆。
1.尿道息肉 为发生于尿道的一种良性肿瘤。息肉蒂细长，可脱出于尿道口外，呈鲜红色且与尿道深部相连。病理检查呈息肉样改变，表面为移行上皮，内含纤维血管组织。
2.尿道黏膜脱垂 表现为尿道口紫红色肿块，呈环形围绕尿道口。肿块质软、表面光滑、不伴有疼痛或触痛、易于出血。肿块中央有腔隙，可顺利插入导尿管。
3.尿道癌 表现为尿道口处肿块，表面可出现溃疡，且伴血性或脓性分泌物。触之较硬，形态不规则，有触痛。可伴腹股沟淋巴结肿大或远处转移征象。活组织病理检查可明确诊断。
4.尿道旁腺炎 为女性尿道口两侧尿道黏膜下小腺体的非特异性感染，可形成尿道旁腺囊肿或脓肿。表现为尿道口肿痛，尿道口一旁或两旁可触及肿块伴压痛，有时可挤出脓性物或石灰质凝块。
5.尿道外口尖锐湿疣 表现为尿道外口单个或多发红色菜花样肿物，表面凹凸不平，有糜烂和渗液，触之易出血，与尿道肉阜有相似之处。但本病为性传播性疾病，多有不洁性交史，同时，阴道、阴唇、肛门等部位也可见到相似病变。确诊还须行组织病理检查。
