皮肤囊肿应与发生于体表皮肤的各类肿瘤相鉴别，有的手术中才能发现。尤其是皮肤下囊肿，因张力过大，有的不移动，而易考虑到纤维瘤。

应与多发性脂囊瘤、脂肪瘤及神经纤维瘤鉴别，依据病理可确诊。