皮肤、粘膜念珠菌病的诊断有赖于多种类型特有的临床表现，并结合真菌检查作出多判断。内脏念珠菌病除根据临床表现外，需多次、多途径培养为同一菌种方可确诊。鉴于念珠菌是人体正常菌群之一，痰、粪便和阴道分泌物单纯培养阳性，只能说明有念珠菌存在，不能确诊为念珠菌病。直接镜检应看到假菌丝和芽胞，菌丝存在说明处于致病状态。