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肉孢子虫病的治疗尚处探索阶段,暂无特制药物。由于多数患者病情轻微,故一般不必药物治疗。肠型住肉孢子虫病可用磺胺嘧啶、复方新诺明、吡喹酮治疗,肌肉型住肉孢子虫病通常可用抗球虫药物。通过众多的试验发现其他一些药物对肉孢子虫也有抑制作用的药物。例如土霉素、磺胺喹恶啉加乙胺嘧啶、莫能霉素及伯氨喹等。