重症沙眼常发生后遗症与并发症，危害视力。常见的有：
1.睑内翻及倒睫：在沙眼的后期，病变可侵及睑板，因瘢痕组织收缩而变短，加之睑结膜，特别是睑板上沟部位因瘢痕而收缩，遂使睑板向内弯曲如舟状，形成典型的睑内翻倒睫。倒睫亦可单独发生，乃由于毛囊附近受病变侵犯后产生的瘢痕所致。倒睫的长期刺激，可使角膜浅层呈现弥漫性点状浸润，继而上皮剥脱,形成溃疡，称沙眼性角膜炎或沙眼性角膜溃疡，此时病人异物感、怕光、流泪、疼痛、及视力模糊等症状。应及时作内翻矫正及电解倒睫术，以免造成严重的损伤。
2.沙眼性角膜溃疡：在血管翳的末端有灰白色点状浸润，一旦破溃，即形成浅层溃疡，这些溃疡可以互相融合，形成小沟状溃疡。这种由沙眼血管翳所引起的溃疡，与倒睫所引起者，均称为沙眼性角膜溃疡。前者以用药物治疗为主，后者应做手术矫正睑内翻倒睫。
3.上睑下垂：由于上睑结膜及睑板组织增生肥厚，使上睑重量增加;同时病变侵及苗勒氏肌和提上睑肌，使提睑功能减弱，因而发生上睑下垂，治疗仍以沙眼为主。
4.沙眼性眼干燥症：由于结膜表面瘢痕化，将结膜的付泪腺及杯状细胞完全破坏，泪腺排泄管在上穹窿部的开口也被封闭，粘液和泪液完全消失，结膜及角膜变干燥，严重时结膜角膜呈弥漫性实质性混浊，上皮角化、肥厚，形似皮肤、视力极度降低，此时应点鱼肝油或人工泪液(含有甲基纤维素methylcellutose)以减轻结膜、角膜干燥。或行泪小点封闭术，以减少泪液的流出。
5.泪道阻塞及慢性泪囊炎，沙眼衣原体侵犯粘膜，可引起泪小管阻塞，或鼻泪管阻塞，进而形成慢性泪囊炎。
6.睑球粘连 穹窿部结膜因瘢痕收缩而缩短，尤以下穹窿部为显著，甚至穹窿部完全消失。当牵引下睑时，在眼睑和眼球间可见有垂直的结膜皱褶，称为睑球粘连。
7.角膜混浊 重的角膜血管翳常遗留角膜混浊。睑内翻倒睫以及其他原因引起的角膜溃疡等也可致角膜混浊。若有继发感染，引起化脓性角膜溃疡并穿孔，则可严重地影响视力，甚至失明。