Lyme病临床特点与其他螺旋体病一样，通常分期发作，缓解与发作交替。潜伏期3～32天，平均7天左右。
临床表现多种多样，可分3期。早期临床表现包括Ⅰ期和Ⅱ期。
Ⅰ期主要为全身感染症状(发热、头痛、恶心、呕吐和局部淋巴结肿大)及特征性皮肤损害(慢性游走性红斑)。
皮肤的慢性游走性红斑，见于大多数病例。初起常见于被蜱叮咬部位出现红斑或丘疹，逐渐扩大，形成环状，平均直径15厘米，中心稍变硬，外周红色边界不清。病变为一处或多处不等。多见于大腿、腹股沟和腋窝等部位。局部可有灼热及痒感。
病初常伴有乏力、畏寒发热、头痛、恶心、呕吐、关节和肌肉疼痛等症状，亦可出现脑膜刺激征。局部和全身淋巴结可肿大。偶有脾大、肝炎、咽炎、结膜炎、虹膜炎或睾丸肿胀。皮肤病变一般持续3～8周。
Ⅱ期是在发病后数周或数月，约15%和8%的患者分别出现明显的神经系统症状和心脏受累的征象。
神经系统可表现为脑膜炎、脑炎、舞蹈病、小脑共济失调、脑神经炎、运动及感觉性神经根炎以及脊髓炎等多种病变，但以脑膜炎、脑神经炎及神经根炎多见。病变可反复发作，偶可发展为痴呆及人格障碍。
少数病例在出现皮肤病变后3～10周发生不同程度的房室传导阻滞、心肌炎、心包炎及左心室功能障碍等心脏损害。心脏损害一般持续仅数周，但可复发。
Ⅲ期感染后数周至2年内，约80%左右的患者出现程度不等的关节症状，如关节疼痛、关节炎或慢性侵蚀性滑膜炎。以膝、肘、髋等大关节多发，小关节周围组织亦可受累。主要症状为关节疼痛及肿胀，膝关节可有少量积液。常反复发作，少数患者大关节的病变可变为慢性，伴有软骨和骨组织的破坏。
此期少数患者可有慢性神经系统损害及慢性萎缩性肢端皮炎的表现。部分患者还可有精神异常表现。
眼部受损的病例，早期表现为结膜炎、后期主要表现为葡萄膜炎、视神经炎、虹膜睫状体炎、角膜炎。此期一般始于病后2个月或更长时间，持续数月至数年。
美国疾病控制中心(CDC)关于Lyme病的诊断标准有下列5项(Rahn，1991)：
1.有慢性游走性红斑。
2.短暂或反复发作的非对称性关节肿大和关节炎、淋巴细胞性脑膜炎、脑神经根炎(特别是面神经麻痹，可为双侧性)、神经根炎、脑脊髓炎(CSF中特异性抗体效价大于血清效价而证实为BB感染);急性起病的一过性高度房室传导阻滞。
3.流行病学暴露史，指发病前30天内曾到过树林、灌木丛或草地等潜在性的蜱栖息地。
4.曾去过流行区，指既往该地区至少有2例Lyme病确诊病例，或有蜱叮咬史者显示有BB感染的血清学证据。
5.实验室检查 从感染组织或体液中分离到Lyme病螺旋体，或从血清、CSF中检测到高滴度特异性抗体或双份血清特异性抗体滴度有增加，并排除了梅毒和已知可引起假阳性的生物学原因。
具备上述5项中3项或3项以上者即可诊断为Lyme病。