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胃肠炎型沙门氏菌感染应与急性细菌性痢疾急性出血坏死性小肠炎葡萄球菌性食物中毒变形杆菌食物中毒嗜盐杆菌食物中毒等相鉴别;类伤寒型败血症型应与伤寒副伤寒和其它细菌引起的败血症相鉴别;沙门氏菌引起的局部化脓感染型与其它细菌所致者临床上很难区别须通过局部病灶脓液培养来鉴别。