1、尿路感染
涵盖膀胱炎、肾盂肾炎、囊肿感染和肾周围脓肿。女性朋友，尿路器械诊断是其危险因素。出现白细胞管型尿及对常规抗感染治疗反映迅速有益于肾盂肾炎的诊断，而血培养阳性和某些部位有压痛则倾向于囊肿感染，CT可发现感染性囊肿。
2、肾结石和肾内钙化
有部分的肾结石，是肾囊肿的并发症之一。当患者出现疼痛加剧、绞育或内眼血尿时应想到合并结石的可能。所以对于患者应该谨慎。
3、囊肿癌化
肾囊肿能否能发生癌化至今尚有争议。当病人肾区疼痛或(和)血尿规律改变，体重下降、血沉增快、出现与肾功能不符合的贫血，或出现红细胞增加症时，应警惕合并肾癌，趁早作CT诊断，必要时还需作肾动脉造影。