术前应积极纠正水和电解质失衡、贫血和营养不良。胃扩张明显者，应置胃管减压，并用温盐水洗胃以便解除胃扩张，恢复胃壁张力和减轻胃黏膜水肿。
对有孔的胃隔膜可先经胃镜球管扩张，若无效再行手术治疗。术中如确诊为胃隔膜，胃窦型可施行简单的黏膜切除，幽门型需附加幽门成形术(Heineke-Mikulicz术)。对合并有溃疡的病例，也可选择胃部分切除或选择性迷走神经切断术。笔者在临床上遇见1例8岁的男性患儿，因常发生上腹部餐后饱胀、呕吐，一直误诊为消化功能紊乱，后经钡餐诊断为有孔胃隔膜症，经手术探查，切除隔膜后痊愈。