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胃畸胎瘤是由外、中、内三层原始胚层演变而来的先天性肿瘤,是先天组织残留在胃部所致。三个胚叶相互混杂分布,或几种成分相结合构成器官样组织结构。胃畸胎瘤病因一直未阐明,然而一般认为与来自身体其他部位的畸胎瘤不同,因为它与背部体轴、胚胎体壁和胸腹无关,而是来自内脏壁。这可能是其他部位畸胎瘤恶性约占1/4,而胃畸胎瘤通常是良性的原因。