三焦有两大主要功用：

一、通调水道。《灵枢经》上说：“三焦病者，腹气满，小腹尤坚，不得小便，窘急，溢则水，留即为胀。”

二、运化水谷。正如明代医家吴勉学在《医学发明》中所说：“水谷往来，皆待此以通达。”“焦”通“”，乃引火之物，以火才可腐熟食物，古人遣词命名皆有深意。

三焦之功能如此强大，理应在治疗上屡建奇功，但实际远非如此，因为大多数医者对三焦概念、功用模糊不清，很少有人去探究它的真正奥妙，只是停留在对传统注释的一知半解上。机理不明，自然也就无法应用，以致有人根本想不起用三焦经来治疗脏腑病这条思路。

这也难怪，古人在三焦治疗上就没留下很丰富的例证供我们参考，就是简单的阐述都难得一见。明代医家孙一奎有几句话或许是其经验之谈：“上焦主纳而不出，其治在膻中;中焦主腐熟水谷，其治在脐旁;下焦分清泌浊，其治在脐下。”古人说话都是如此简约，按现代人的思想好像跟没说一样，其实古人只是给我们打开一扇窗，外面的风景还是要我们自己去看的。有心者可以借此通达深入，而更多的人还是指望别人一一指点给他――青山在远处，白云在上边，还有流水、小桥――否则即使再开两扇窗，也是一无所见。