导致流产的原因很复杂，是多种的，早期流产较为常见的原因为染色体异常、内分泌异常、子宫发育不良或畸形。
一、染色体异常 染色体异常包括染色体数目异常，如单体、三体、多倍体;结构异常，如断裂、缺失、易位均可致流产。有人对自然流产和治疗性流产进行染色体的研究，发现在自然流产中核型异常者占60%。核型异常者每伴有胎儿或胎盘等一种结构上的异常。而核型正常者流产的胎儿多正常。
二、内分泌失调 雌激素过多与孕酮不足亦为早期流产的原因。因在妊娠12～14周正处于胎盘形成代替妊娠黄体功能的时期，易有内分泌失调，尤以黄体功能不足。此外，甲状腺素缺少，使细胞的氧化过程遭受障碍，以及甲状腺机能亢进与糖尿病等皆易发生流产。
三、胎盘异常与胎盘内分泌不足 早期妊娠时的蜕膜炎可使底蜕膜出血或增生，绒毛上皮细胞及蜕膜细胞被溶解，绒毛内血管阻塞，影响营养物质的吸收与运送，以致孕卵从附着处分离、出血而流产。此外如胎盘内巨大梗塞可使胎盘功能降低，影响胎儿生存;而前置胎盘、胎盘绒毛水肿变性致成流产者亦不少见。妊娠后母血中β-hCG、hPL、P、E2、雌酮，早孕时如这些激素值下降，则50%流产。
四、血型不合 由于以往妊娠或输血，致Rh因子、不合的ABO血型因子在母体中产生抗体，此次妊娠由胎盘进入胎儿体内与红细胞凝集而产生溶血，以致流产。
五、精神神经因素 如惊吓、严重精神刺激等也都可致成流产。近年来通过研究认为，噪音与振动对人的生殖有一定影响。
六、母体全身性疾病
1、严重的急性传染病和感染疾病：如大叶性肺炎，多伴发生高热导致子宫收缩，或/和胚胎死亡均可致流产。
2、慢性疾病：严重贫血、心脏病、心力衰竭可引起胎儿缺氧、窒息而死亡;慢性肾炎、严重高血压可使胎盘发生梗死或早剥离而引起流产。
3、营养不良或药物中毒：如维生素缺乏，特别是维生素E—生育醇的缺乏，汞、铅、酒精及吗啡等慢性中毒，均可引起流产。
七、生殖器官疾病 子宫畸形，如双角子宫、子宫腔纵隔，常为流产的原因。
八、免疫因素 对原因不明者，近年来研究发现多数与免疫因素密切相关。