(一)治疗
目前无特效抗病毒药物，主要采取对症处理。心包炎时如诊断明确，无需穿刺放液。有颅压高时用20%甘露醇，心力衰竭用洋地黄类制剂，用快速或中速制剂为宜。
1.对症处理 本病迄今无特效疗法，临床治疗以对症处理为主。如急性期宜加强护理，注意休息，保持适当进食和水分;吐泻者要纠正脱水、酸中毒;惊厥和严重肌痛者给予镇静止痛药;急性心肌炎伴心衰应快速洋地黄化，及时供氧，积极抢救;轻瘫时注意肢体温湿敷，保持功能位，予以相应理疗、针灸;对体弱者，婴幼儿危重者，支持疗法不应忽视;尚应预防继发感染。
2.抗病毒治疗 重症者可考虑使用干扰素，利巴韦林等核苷类抗病毒药物。免疫球蛋白中存在多种肠道病毒的中和抗体。高危儿(母亲分娩前1周之内有疑似肠道病毒感染者，新生儿室内有肠道病毒感染者)出生后肌注入血丙种球蛋白250mg，可减少发病及减轻病情。也可用静脉用人血丙种球蛋白(IVIG)，每天400mg/kg，应用3～5天，早期可阻止肠道病毒在患儿体内复制。并可刺激机体产生相应抗体;用流行期恢复期患者血清制备的免疫球蛋白也有治疗效果。未明确病原体前，抗生素可酌情使用。
(二)预后
与病变部位、病毒毒力、患儿年龄及有无合并症有关，暴发性全身感染患儿预后差，病死率高。