脑膜炎者与其他细菌感染引起者鉴别，与其他宫内感染性疾病相鉴别，均依赖实验室检查结果确诊。
应与流感、粟粒性结核、伤寒、传染性单核细胞增多症、败血症等鉴别。
败血症（septicemia）是一种血液中毒的病症。患者多是免疫系统比较差的人，主因则是身体某些部位的细菌扩散至血液，细菌在血液中大量繁殖并且产生毒素，令人体器官功能受损，并会在病发时衰竭。
伤寒(typhoid fever)是由伤寒杆菌引起的急性肠道传染病以持续的菌血症与毒血症单核吞噬细胞系统的增生性反应以回肠下段淋巴组织为主的增生、肿胀、坏死与溃疡形成为基本病理特征典型的临床表现包括持续高热，全身中毒性症状与消化道症状