(一)治疗
目前胸腺囊肿的治疗尚有争议。一些专家认为，因为术前不易确诊，所有的胸腺囊肿均应手术切除，以明确诊断，且胸腺囊肿与胸腺有蒂相连，界限清楚，易于剥离。另一些专家则认为，如果能从囊肿的位置和CT等影像学特征上明确为胸腺囊肿，则可经皮细针穿刺治愈囊肿。对于不能确诊为胸腺囊肿的病人，特别是不能完全除外胸腺瘤合并囊性变及包虫囊肿时，外科手术是必要的，可以达到确诊和治疗双重目的。胸腺囊肿的切除的手术径路有胸骨正中切口、前外侧切口和后外侧切口，亦可通过电视胸腔镜完成手术。
(二)预后
自1901年Pollosson和Piery等施行首例胸腺囊肿切除术来，手术切除一直是治疗胸腺囊肿的有效方法。预后良好。