细菌性肝脓肿鉴别诊断较困难，因临床上同有发热、白细胞增多等炎症反应，且肝脏肿大、肝区压痛的病变并不单仅肝脓肿一种。
1.胆囊和胆道疾患
胆囊和胆道疾病常有急性发作史。如为单纯胆石症，则全身反应不显著而恶心呕吐常为突出的表现。急性胆囊炎常有明显的局部疼痛和压痛，且常能扪及肿大胆囊。
2.右膈下脓肿
膈下脓肿与细菌性肝脓肿的鉴别更困难，术前正确诊断有时非常困难。一般说来，细菌性肝脓肿的全身反应较之膈下脓肿严重;在后者，寒战和间歇型的高热不如肝脓肿显著。B超和CT检查对诊断帮助更大，磁共振冠状面图像也常可以确诊。
3.阿米巴性肝脓肿
阿米巴性肝脓肿的临床表现较多发性细菌性肝脓肿也较缓和，两者之间的鉴别多不困难。但阿米巴性肝脓肿与单发性细菌性肝脓肿的症状则颇有相似之处，两者之鉴别有时非常困难。最重要的鉴别点在阿米巴性肝脓肿常有阿米巴性肠炎和脓血便病史，如在患者粪便中找到阿米巴滋养体，更具有诊断意义。
4.其他门静脉血栓性静脉炎
单纯的血栓性门静脉炎常因门静脉血流回流不畅及门静脉壁有病变，或者血液的成分有所改变等原因产生。
肝癌有时与肝脓肿在鉴别上也有困难。虽然肝癌患者其肝脏的肿大多是结节性，质较硬，局部疼痛和压痛不明显，全身亦无明显炎症反应，但有时与单发性肝脓肿甚难鉴别。肝癌血清甲胎蛋白测定常呈阳性，B超、CT或MRI检查等有助于鉴别。
