本病应与急性感染性心内膜炎、亚急性感染性心内膜炎、Loffer心内膜炎、Libman-Sacks心内膜炎等疾病相鉴别。

已知可发生非细菌性血栓性心内膜炎的疾病。

心脏出现杂音或新杂音或原有杂音发生变化。

身体有多发性栓塞。此外，静脉血栓症、DIC 实验室诊断以及多次血培养阴性，均有助于非细菌性血栓性心内膜炎的诊断。若结合UCG 发现赘生物则更有利于诊断。