1、阴蒂肥大常与遗传基因有关，由胚胎发育期在遗传基因控制下生殖结节发育异常所致;后天获得性则常与内分泌紊乱有关，即雄性激素相对增高。

2、阴蒂肥大也可能是罹患某种疾病而长期使用雄性激素的后果。有些人则是由于反复地、长时间地自我手淫或是性配偶经常刺激阴蒂而造成的。