远端肾小管性酸中毒有时可与尿毒症酸中毒相混淆，但尿毒症的代谢性酸中毒有氮质血症和血磷增高，鉴别不难。
由于遗传性特发性高钙尿症所致的肾钙化症，可引起远端肾小管性酸中毒，亦需与原发性者鉴别。此时的结石可为磷酸钙结石，但无低钾血症和代谢性酸中毒。不完全性RTA，最易和特发性高钙血症分不清，此时，可作氯化铵负荷试验。其他疾病引起的继发性远端肾小管性酸中毒则各有其临床特点。
DRTA临床上还应与肾小球性酸中毒、各种佝偻维生素D缺乏病、家族性周期性麻痹相鉴别。
1.肾小球性酸中毒 既往有肾脏疾病史，有明显尿异常，常伴贫血与高血压，血Cr-多正常而血肌酐增高，血与尿pH一致性降低。
2.家族性周期性麻痹 有家族史，男性多见，尿检正常，无酸中毒，发作之前常有饱餐、高糖饮食、剧烈运动、外伤、感染等诱因。
3.家族性低磷血症性抗维生素D佝偻病 佝偻病症状与体征突出，但无酸中毒及其他dRTA表现。