乙型肝炎病毒与肾炎在发病机理上的联系尚未完全清楚，可能与乙型肝炎病毒抗原体复合物沉积于肾小球引起免疫损伤、病毒直接感染肾脏细胞、乙型肝炎病毒感染导致自身免疫致病有关。由于儿童和青少年抗HBe反应不完善，可能是乙肝肾炎青睐他们的主要原因。目前已知的原因如下：
(1)HBV循环免疫复合物沉积。所谓循环免疫复合物，就足HBV的抗原(HBsAg、HBeAg、HBcAg)和相应的抗体结合，如HBsAg和抗HBs结合，成为一个“抗原、抗体结合物”，在血液循环中游动。当这种循环免疫复合物沉落并滞留到肾小球或肾小管上时，就在那儿堆积，最终引起肾脏病变。专家们已在肾脏组织中榆查到了HBV的免疫复合物，证明了HBV循环免疫复合物对肾脏的损伤。
(2)HBV直接感染肾脏的细胞。HBV的嗜肝性并不十分严格，除了肝脏外，HBV还可以感染其他部位，如肾、胰、皮肤、胆管上皮、骨髓及其外周单个核细胞等。HBV进人人体后一路直接侵犯肝脏，另一路直接侵犯肾脏，在肾脏复制，引起肾脏病变，发生肾炎。有专家在肾脏组织中检查到了HBV DNA，就是最好的证明。有的学者发现，HBV相关性肾病起病6个月内，87.5%患者的肾小管上皮细胞中存在HBV DNA，在肾损害加重的患者肾脏组织中HBV DNA检出率明显增高。
(3 )HBV感染导致人体免疫功能失调。并不是所有HBV感染者都会发生肾脏病变，因此，HBV相关性肾病的发生还与免疫功能失调有关。特别是此病的发展几乎都与免疫功能失调息息相关。