亚急性甲状腺炎在急性期可以用非甾体类的消炎药或糖皮质激素进行对症处理，也可以用中药进行辅助治疗。亚急性甲状腺炎的患者可以吃的中药有夏枯草、柴胡，当归，川芎，丹参，连翘，蒲公英，大青叶，板蓝根，玄参，生地，瓜蒌，生甘草等。对于甲状腺炎的这种疾病而言，治疗选择的药物需要根据患者的具体情况，来确定治疗的药物和治疗方案。

亚急性甲状腺炎又称病毒性甲状腺炎，亚急性甲状腺炎是病毒感染导致的免疫引起的甲状腺疾病，中医治疗原则以清热解毒，化痰(活血)消瘿为主。一般建议口服中药夏枯草胶囊，这种药物具有清热、散结等作用；另外也可以口服中成药物，如清开灵胶囊以及双黄连冲剂等，具有同样的疗效。

如果患者有发热现象，建议口服吲哚美辛，可以减轻患者疼痛，减轻炎症反应。如果反复发作，可以加用黄芪等增强抵抗力，增强免疫力的中药，效果很好。