亚急性甲状腺炎的具体病因尚不明确，但医学研究认为可能与病毒感染有关，大多数得亚急性甲状腺炎的患者在出现相关症状确诊前一段时间都存在上呼吸道感染病史。除此之外，还可能与遗传环境以及自身免疫力有关。

亚急性甲状腺炎的发生多与患者之前的病毒感染史相关，可能诱发亚急性甲状腺炎的病毒感染有流感病毒、腺病毒、柯萨奇病毒、腮腺病毒等，如果有病毒感染引起身体不适的情况，特别是出现颈前区的疼痛或者是甲状腺区的压痛，一定要马上到医院检查就诊，同时完善颈部彩超检查和相关抽血检查，排除甲状腺疾病，再积极治疗病毒感染。

有部分患者在确诊亚急性甲状腺炎之前并没有存在病毒感染史，这种情况可能是因为患者遗传亚急性甲状腺炎易感相关基因，也有可能是与自身的免疫系统出现异常有关，亚急性甲状腺炎易感基因携带人群和免疫系统异常人群也是疾病高发人群；除此之外，女性患病的几率相对大一些，男性患者和女性患者的比例大概是1:3至1：6。

亚急性甲状腺炎目前暂未有万全的预防方法，只能日常多加锻炼身体，养成良好的饮食习惯，注重生活作息，从而提高身体免疫力，增强抵抗力。