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亚急性甲状腺炎病因多认为是由于病毒感染引起的变态反应,如柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒、腺病毒感染等,也可发生于非病毒感染(如Q热或疟疾等).近年来研究发现遗传因素也可能参与发病,在患亚急性甲状腺炎的双胞胎患者中发现患者的HLA-B35自身抗原和感染病毒的相关抗原T细胞可发生交叉反应,从而引起机体的自身免疫反应,导致甲状腺细胞的损害。