1.急性化脓性甲状腺炎：甲状腺局部或邻近组织红、肿、热、痛及全身显著炎症反应，有时可找到邻近或远处感染灶;白细胞明显增高，核左移;甲状腺功能及I摄取率多数正常。
2.结节性甲状腺肿出血：突然出血可伴甲状腺疼痛，出血部位伴波动感;但是无全身症状，ESR不升高;甲状腺超声检查对诊断有帮助。
3.桥本甲状腺炎：少数病例可以有甲状腺疼痛、触痛，活动期ESR可轻度升高，并可出现短暂甲状腺毒症和I摄取率降低;但是无全身症状，血清TgAb、TPOAb滴度增高。
4.无痛性甲状腺炎：本病是桥本甲状腺炎的变异型，是自身免疫甲状腺炎的一个类型。有甲状腺肿，临床表现经历甲状腺毒症、甲减和甲状腺功能恢复3期，与亚急性甲状腺炎相似。鉴别点：本病无全身症状，无甲状腺疼痛，ESR不增快，必要时可行FNAC检查鉴别，本病可见局灶性淋巴细胞浸润。
5.甲状腺功能亢进症(甲亢)：碘致甲亢或者甲亢时摄碘率被外源性碘化物抑制，出现血清T4、T3升高，但是I摄取率降低，需要与亚急性甲状腺炎鉴别。根据病程、全身症状、甲状腺疼痛，甲亢时T3/T4比值及ESR等方面可以鉴别
