胰腺假性囊肿的并发症更多见于急性胰腺假性囊肿。
1.囊内出血
胰周与上腹部许多较粗的血管常构成囊壁的一部分如胃左动静脉，胃右动静脉，脾动静脉等，血管壁被激活的胰酶和感染侵袭，可突然发生破裂出血病人可突然出现剧烈的持续性腹痛，腹部包块急剧增大，且有刺激征，常表现内出血症状，很快进入休克状态。
2.囊肿破裂
囊肿破裂后腹部包块突然消失，囊液如进入腹腔可发生全腹持续性剧痛引起急性弥漫性腹膜炎，应急诊行囊肿外引流术。
3.囊内感染
囊肿并发感染时通常出现腹痛发热，白细胞计数增高等征象急性胰腺假性囊肿继发感染与急性重症胰腺炎坏死合并感染较难区别，特别在2周以内，治疗应立即引流。
4.囊肿对周围的压迫
巨大囊肿压迫胃及十二指肠或结肠，可发生胃肠道梗阻，压迫胆总管可出现阻塞性黄疸，压迫静脉或形成静脉血栓，最常见的是脾静脉，其次是门静脉和肠系膜上静脉，可形成胃脾区高压，肝外型门静脉高压或十二指肠黏膜下静脉曲张而发生上消化道大出血。