胰腺囊性纤维性变的主要病理生理改变是胰腺外分泌功能障碍;多个器官的分泌失调、黏液积聚和阻塞，因此除发生肠梗阻和门静脉高压症需要外科手术治疗以外，只能通过以对症处理为主的内科治疗。
1.内科处理
(1)改善胰腺功能 适当服用胰酶有助于食物吸收，胰酶制剂(胰酶或多酶片)服用方便，每次进餐前口服600～800mg，症状严重者应适当增加胰酶制剂的剂量3～4倍。注意调整婴幼儿饮食，给予低脂肪、中等量糖类、高蛋白、高热量的饮食，如服用中链三酸甘油酯、水解蛋白、葡萄糖、多种维生素(脂溶性维生素A、维生素D应给双倍剂量)、微量元素制剂、盐类。病情严重者可给要素饮食或肠道外营养。
(2)防治肺部感染 黏液堵塞支气管是呼吸系统的基本病变。鼓励咳痰、体位引流，蒸气吸入和超声雾化(加适量胰蛋白酶)吸入有助于黏稠痰液排出。若有大量黏液堵塞支气管，需行气管吸痰或支气管镜灌洗。预防性应用抗生素的意义不大，现已很少采用。一旦出现咳嗽、气促、体温上升，显示呼吸道感染，可根据口腔拭子和痰培养及其药敏试验选择用药，一般需连续给药10天左右。铜绿假单胞菌感染常是其致死性原因，应及时采用环丙沙星、羧苄西林，头孢哌酮等较广谱抗生素。因肺大疱破裂引起气胸者，应做胸腔闭式引流。
(3)不完全性胎粪性肠梗阻 可采用加有胰酶的等渗盐水、平衡液灌肠，口服山梨醇、甘露醇等轻泻剂。有报道应用经稀释的泛影葡胺灌肠，认为既可做肠道X线显影有利诊断，又能稀释黏稠的胎粪，刺激肠蠕动促进排便。少年病人可应用10%N-乙酰半胱氨酸口服;或10%N-乙酰半胱氨酸加胰酶制剂灌肠。大多数病人通过灌肠可以解除胎粪性肠梗阻。
(4)其他 1%～2%儿童病人合并糖尿病，成年人可上升至13%需用胰岛素治疗。有胆汁性肝硬化病人，应保肝利胆。
2.外科手术
(1)肠梗阻 完全性胎粪性肠梗阻，合并肠扭转、肠坏死肠穿孔者均需要手术治疗。针对胎粪性肠梗阻，可采取切开取粪块肠造口、肠切除方法解除梗阻。
①取粪块 在坚硬胎粪块处切开肠壁，取出粪块，然后用等渗液冲洗，尽量清除胎粪，缝合肠壁。②肠造口 病情危重不适宜稍长时间的操作者，可先在梗阻近端置较粗橡胶管造瘘、减压，术后并经此管灌洗黏稠的胎粪。如果病情许可时先在梗阻的肠襻进行切开取除粪块，然后将其提出作双筒式肠造口或Mikulicz回肠造口。③肠切除 有时胎粪极度黏稠，难以取出，可将贮有大量胎粪的梗阻肠曲切除后吻合(Bishop-Koop回肠-回肠端侧吻合术)。但需注意胎粪性肠梗阻的肠壁甚薄，肠吻合非常困难，宜慎行之。
(2)门静脉高压症 发生食管胃底静脉曲张出血的儿童，应及时施行门-体静脉分流术。脾大、脾功能亢进病人有手术指征。