营养缺乏病的治疗宜采取综合措施，除针对疾病本身，提供合理膳食，适当补充相应的营养素制剂外，还应积极消除诱发营养缺乏病的因素方能奏效。
因膳食中营养素供给不足引起的轻度营养缺乏病，应采取饮食治疗为主，营养素制剂补充为辅的原则，在饮食治疗中宜采用富有营养的平衡膳食。对中度或重度营养缺乏病，由于营养素长期供给不足，在临床上常表现为多种营养素同时缺乏，而且还表现为多系统功能衰竭，因此，对中度或重度营养缺乏病患者，除提供高蛋白、高热量、高维生素膳食外，还宜采用半流质或流质饮食和少量多餐的原则，以利消化吸收和利用，还应针对病情，补充较大剂量的营养素制剂。对消化系统功能严重衰竭的患者，在必要时还应考虑采用全价合成营养制剂或肠胃道外给养。
一般地说，轻型营养缺乏病，经适当治疗预后良好。严重营养不良的患者，如不采取积极治疗，预后较差。