沙眼衣原体对抗生素敏感，治疗不困难，疗程宜长。常用药物如下：
1.四环素0.5g，4次/d，口服共7天，再改为0.25g，4次/d，共服2周。或盐酸多西环素(强力霉素)0.1g或米诺环素(二甲胺四环素)0.1g，2次/d，口服，共服2周。
2.对以上药物不能耐受或疗效不佳者，可用红霉素0.5g，4次/d，共服7天，或阿奇霉素(aziththromycin)1g，一次口服。亦可应用氧氟沙星(氟嗪酸)0.2g ，2次/d，口服，共服7～14天。
3.配偶应同时接受相应治疗，疗程结束1周后重复检查。
如果同时患淋病，先治淋病再治衣原体感染。疗程结束1周后要重复检查。治愈标准是症状消失，尿道无分泌物，尿沉渣涂片白细胞数正常(<5个/高倍视野)。