根据病史及临床表现诊断并不困难。婴儿和儿童巨结肠多有典型病史及顽固性便秘和逐渐加重的腹胀，表现为慢性不全性结肠梗阻。
为明确诊断并了解病变部位和范围.应作以下检查：
(1)腹部X线检查：可见扩张充气的结肠影，或表现为结肠梗阻。
(2)钡灌肠：少量钡剂灌肠.以了解痉挛段的长度和排钡功能;钡剂24小时后仍有残留是巨结肠的佐证，
(3)直肠测压：是检查先天性巨结肠有效的方法，以了解肛管有无正常松弛反射。
(4)直肠粘膜组织化学检查：直肠粘膜下固有层进行组化染色可见乙酰胆碱酯酶阳性染色的神经纤维。
(5)活体组织检查：取粘膜下及肌层组织病理检查以确定有无神经节细胞存在。