本病以中西医结合治疗效果较好。治疗并不复杂，由于没有特效的抗 病毒药物，抗细菌类药物对病毒也无效，治疗以口服中药、抗病毒、对症处理为主。
对症治疗
注意口腔卫生，保持口腔清洁。可用淡盐水漱口，用10%硝酸银涂于溃疡或用咽喉灵丹，冰硼散等吹播咽部以减轻咽痛症状。还可以利用加压或超声雾化吸入抗病毒类药物、含化参龙丸、含漱利咽合剂、撒入锡类散、喷入金喉健等进行咽峡局部治疗口服维生素C及B等。可用阿昔洛韦、利巴韦林等西药抗病毒。抗生素对病毒性咽炎无效，但如有发热，应给予抗菌药物治疗，以便控制继发性细菌感染。
1.原发病治疗。
2.局部治疗
(1)采用复方硼砂溶液、生理盐水或3%过氧化氢含漱;病变部位涂擦2%金霉素甘油或1%甲紫，能促进溃疡面的愈合。
(2)注意休息，多饮开水，多吃新鲜蔬菜及营养丰富易消化的食物，以增强身体抵抗力。
(3)为防止继发感染及缩短病程，可肌注青霉素、庆大霉素等。全身症状严重者，常静脉给予抗生素联合应用激素。如青霉素800万U联用庆大霉素24万U 加地塞米松5mg静滴，或头孢唑林6～8g联用阿米卡星0.48g并加地塞米松5mg静滴，治疗效果好，一般无并发症。儿童用药量酌减。
(4)中药治疗：疱疹性咽峡炎中医辨证属湿热喉痹，多为外感湿热，上攻咽峡所致，可辨证选用新加香薷饮、甘露消毒丹、银翘马勃散、退热合剂、双黄连、大青叶、板蓝根等中医中药治疗此病效果显著，分内服及外用两类。应根据病情选择用药，常用药物如下：
①清热：生地、连翘、金银花、淡竹叶、木通、生甘草、川石斛、山豆根、大叶青。
②降火：黄柏、黄芩、黄连、石膏、知母。，
③养阴：天冬、麦冬、熟地、元参、白芍、沙参、天花粉。
此外，应用“红白散”外治也有一定疗效。其成分为：青黛30g、人中白12g、枯矾6g、冰片4.5g、牛黄0.3g，共研细末，局部涂匀，3～4次/d。
