阴茎晚上疼可能由多种原因引起，如前列腺炎、尿道炎、阴茎硬结症、阴茎异常勃起、外伤等。
1. 前列腺炎：是男性常见疾病，炎症刺激可导致阴茎疼痛，尤其在晚上，患者可能还伴有尿频、尿急、尿不尽等症状。炎症引发的局部充血和肿胀，会对周围神经产生刺激，从而产生疼痛感。
2. 尿道炎：细菌感染尿道引发炎症，炎症蔓延可波及阴茎，导致阴茎疼痛。患者通常还会有尿道刺痒、尿痛、尿道分泌物等表现，晚上安静状态下，疼痛感觉可能更明显。
3. 阴茎硬结症：阴茎海绵体白膜形成纤维斑块，可导致阴茎勃起时疼痛、弯曲畸形等。晚上阴茎可能会出现自发性勃起，此时硬结部位受到牵拉，引发疼痛。
4. 阴茎异常勃起：阴茎持续勃起超过4小时即为异常勃起，可引起阴茎疼痛。晚上睡眠中可能因自主神经功能紊乱等因素诱发，长时间勃起会导致阴茎海绵体缺血、缺氧，产生疼痛。
5. 外伤：白天阴茎受到碰撞、挤压等外伤，当时可能未察觉，晚上受伤部位的肿胀、淤血等情况加重，从而引起疼痛。
日常生活中应注意保持生殖器官清洁，避免过度性生活和手淫，减少对阴茎的刺激。穿着宽松舒适的内裤，避免局部压迫。若阴茎晚上疼痛症状持续不缓解或加重，应及时就医，进行详细检查，明确病因后遵医嘱进行治疗。