男性阴茎出现小疙瘩伴瘙痒可能是珍珠状阴茎丘疹生理变异、包皮龟头炎、生殖器疱疹、尖锐湿疣、接触性皮炎等因素，需要针对病因治疗，可采取的方法有局部清洁护理、外用药物涂抹、口服药物治疗等。
1. 珍珠状阴茎丘疹：该情况为生理变异并非疾病，常见于冠状沟部位排列整齐的针尖大小丘疹，一般无明显不适，部分伴轻微瘙痒，无需特殊治疗，日常注意局部清洁即可，若瘙痒明显遵医嘱用炉甘石洗剂外用、氯雷他定片口服缓解症状，无需其他处理。
2. 包皮龟头炎：因包皮过长、细菌或真菌感染引起，表现为阴茎头及包皮红斑、小疙瘩伴瘙痒红肿，细菌感染遵医嘱用莫匹罗星软膏外用、头孢克洛胶囊口服；真菌感染遵医嘱用克霉唑乳膏外用、伊曲康唑胶囊口服，需翻开包皮清洁保持干燥。
3. 生殖器疱疹：单纯疱疹病毒感染的性传播疾病，表现为簇集小水疱破溃后糜烂伴瘙痒疼痛，遵医嘱用阿昔洛韦乳膏外用、伐昔洛韦片口服，治疗期间避免性生活注意休息增强免疫力。
4. 尖锐湿疣：人乳头瘤病毒感染的性传播疾病，表现为菜花状/乳头状小疙瘩伴瘙痒异物感，遵医嘱用咪喹莫特乳膏外用、鬼臼毒素酊外用，必要时激光/冷冻去除疣体，需伴侣同时检查治疗。
5. 接触性皮炎：接触内裤材质、清洁剂等过敏原引起，表现为红斑丘疹伴瘙痒灼热，遵医嘱用丁酸氢化可的松乳膏外用、西替利嗪片口服，需脱离过敏原更换宽松棉质内裤。
日常需保持外生殖器清洁干燥，每日用温水清洗避免刺激性物品；穿宽松透气棉质内裤减少摩擦；避免不洁性生活固定性伴侣做好防护；出现症状及时到正规医院就诊，明确病因后规范治疗，勿自行购药以免加重病情；治疗期间避免性生活防止交叉感染影响恢复。