阴茎破皮长小疙瘩可能是局部摩擦刺激、局部卫生不良、细菌感染、真菌感染、病毒感染等因素，需要针对病因治疗，可采取的方法有局部护理、药物治疗等。
1. 局部摩擦刺激：该因素多因性生活过度、频繁手淫、穿着紧身化纤衣物或运动时局部反复摩擦所致，表现为表皮破损、细小丘疹，可伴轻微疼痛，治疗需减少局部摩擦，暂停性生活及手淫，更换宽松棉质衣物，保持干燥清洁，破损处有渗出时可遵医嘱用药碘伏消毒液外用消毒，无需其他特殊药物。
2. 局部卫生不良：多见于包皮过长或包茎人群，包皮垢长期堆积刺激皮肤引发破皮及小疙瘩，可伴轻微瘙痒或异味，治疗需加强局部清洁，每日温水清洁包皮龟头，包皮过长者轻柔翻开清洗，包茎者需医生指导处理，局部轻微炎症可遵医嘱用药红霉素软膏外用涂抹。
3. 细菌感染：多由金黄色葡萄球菌、链球菌感染引起，表现为破皮、红肿、丘疹或脓疱，伴疼痛及脓性分泌物，治疗需遵医嘱用药，口服头孢呋辛酯片，外用莫匹罗星软膏外用，保持清洁干燥，避免搔抓，暂停性生活。
4. 真菌感染：常见白色念珠菌感染，多见于免疫力低下或不洁性接触者，表现为破皮、红斑、丘疹，伴瘙痒及白色豆腐渣样分泌物，治疗需遵医嘱用药，口服伊曲康唑胶囊，外用克霉唑乳膏外用，注意个人卫生，避免交叉感染，性伴侣需同时治疗。
5. 病毒感染：以生殖器疱疹为例，由单纯疱疹病毒Ⅱ型感染引起，表现为水疱破溃后破皮、簇集性小水疱疙瘩，伴疼痛灼热感，易复发，治疗需遵医嘱用药，口服伐昔洛韦片，外用阿昔洛韦乳膏外用，注意休息增强免疫力，避免复发。
日常需穿着宽松棉质衣物减少局部摩擦，每日清洁外生殖器，包皮过长者定期翻开清洗，避免不洁性接触固定性伴侣，出现症状及时就医明确病因规范治疗，切勿自行用药以免延误病情。