所谓的阴茎短小，是指成年男性的阴茎在疲软、勃起后的长度、粗度都小于正常男性的平均值，在常温的条件下，其阴茎长度和周径都小于正常男子的平均值，并且还会影响性生活以及排尿过程。
但有一些男性朋友的阴茎看起来短小，但实际上阴茎的大部分都隐藏在皮肤和脂肪组织中，从而在外表是看到阴茎短小，甚至只看到一些包皮皱褶，尿液也只是从这些皱褶中射出来。这种情况下，便就是医学上所说的隐匿性阴茎。
事实上，在同样长度的阴茎海绵体人群中，胖人的阴茎外表看起来是显得很短而瘦人看起来就显得很长。其实在测量阴茎长度时，必须要必须把尺的—端顶住耻骨，以尽量减少因脂肪层薄厚而引起的误差。但由于许多小胖墩，阴茎尚未发育，且本身就比较小，再加上肥胖就显得更小了。但这种并不是真正的隐匿性阴茎，只需要青春期发育后，阴茎随着性器官发育而增大，一般无需过多特殊治疗和担心。
而真正的隐匿性阴茎，是由于腹部皮肤还没有紧贴阴茎延伸而是直接直接连接至阴茎头的冠状沟部，就好像给阴茎海绵体套上了一个“蝙蛹袖”，从而看不到圆柱状的阴茎，只能够看到露在皮肤外的阴茎头。但这种患者只需要做一次整形手术，把“蝙蝠袖” 改成“紧身袖”，阴茎就显露出来了。
因此，如何区别阴茎短小还是隐匿性阴茎，其实可以用一种简单的方法进行鉴别，从阴茎头起沿着皮肤摸阴茎海绵体，假如摸到的阴茎海绵体和同龄人差不多，则就是隐匿性阴茎，但假如摸到阴茎体是很短或者很细，且与同龄人不相符则就是阴茎短小。