生殖器官上有小疙瘩通常与湿疹、生殖器毛囊炎、包皮龟头炎、尖锐湿疣等有关。
1、湿疹：属于慢性炎症性瘙痒性皮肤病，与遗传、免疫异常及激素水平有关，部分患者的湿疹与不良的饮食习惯也有关系。常表现为丘疹、水疱等症状，皮疹可发于任何部位，好发于阴部、肛门及手足面部，多呈对称分布。
2、生殖器毛囊炎：通常与金黄色葡萄球菌等致病菌感染有关，穿过紧的衣裤、局部卫生不佳等较容易诱发生殖器毛囊炎。
3、包皮龟头炎：常见于包皮过长或包茎的男性。感染、外伤、刺激等容易引起包皮龟头炎的发生，龟头处皮肤黏膜出现水肿等情况，甚至有水疱的形成，可表现为生殖器官上有小疙瘩。
4、尖锐湿疣：由HPV感染所致，不良的性行为是主要诱因，如多个性伴侣、无安全措施性生活等，吸烟也会增加此病的发生率。部分患者在生殖器及肛门周围皮肤出现淡红色小颗粒，类似小疙瘩状，质地柔软，可能会糜烂、出血。除此之外，还有可能是精索静脉曲张。若患者出现上述症状，建议及时就医，查明病因后针对性治疗。