停胎后自然流产是指在人工终止妊娠后，因某些原因导致胚胎或胎儿不能正常发育，最终自然流产出体外。在这种情况下，是否会流出孕囊，主要取决于停胎后的时间和流产的原因。
首先，停胎后自然流产一般在停胎后的两周到两个月内发生。如果停胎后时间较短，孕囊可能还没有形成或者尚未完全发育，此时自然流产可能只会流出一些血块和组织碎片，而不会流出孕囊。如果停胎后时间较长，孕囊已经形成并完全发育，此时自然流产就可能会流出孕囊。
其次，流产的原因也会影响是否会流出孕囊。如果流产是由于胚胎或胎儿自身的问题导致的，例如染色体异常等，那么孕囊可能已经形成，但是胚胎或胎儿无法正常发育，此时自然流产就可能会流出孕囊。如果流产是由于母体的问题导致的，例如子宫内膜异位、宫颈松弛等，那么孕囊可能还没有形成或者尚未完全发育，此时自然流产就不太可能会流出孕囊。
最后，需要注意的是，即使自然流产流出了孕囊，也不一定能够确定孕囊内的胚胎或胎儿是否已经死亡。因此，建议在自然流产后及时到医院进行检查和处理，以避免可能的并发症和健康风险。